对企业所有的房屋拆迁，正常情况下，法律关系是明确的，与一般房屋拆迁并无不同。复杂的情况产生于企业改制，20世纪90年代，国家对国有经济进行战略性调整，国有资产有计划地从一般工商企业中退出，使一些企业的资产出现了多元化。一些小型工商企业被出售，国有商业企业为主的局面被私营商业企业为主所取代。导致被拆迁房屋补偿的权利主体也出现了多元化。主要反映在以下几个方面：
(1)所有权与经营权分离，形成了特殊的补偿权利主体
经济体制改革，使企业的所有权与经营权相分离，经营权在所有权之外，成为新的拆迁补偿对象，经营权人成为特殊的补偿权利主体，对房屋拆迁补偿的协商内容产生了很大影响，发生了很大变化。1991年的《城市房屋拆迁管理条例》将经营权人列入安置对象中加以考虑，规定“拆迁非住宅房屋造成停产、停业，引起经济损失的，可以由拆迁人付给适当补助费。”2001年《城市房屋拆迁管理条例》第33条对此作了较大修改，一是将补助费更正为补偿，这就将经营者列入了补偿主体的范围。二是取消了停产、停业引起经济损失这个限制条件，规定只要引起停产、停业就应给予适当补偿。这一改变是对经营权也属于补偿对象的确认。
(2)拆迁可能成为困难企业改制的契机，必须灵活进行
目前，国企改制的最大困难是改制成本资金的筹措，而拆迁补偿为困难企业改制提供了资金来源，但是拆迁补偿资金的使用有先后的顺序。根据生存权优先于经营权的原则，优先支付的应当是拖欠职工的工资和养老金、医疗费等，其次才是其他开支。这是因为不解决职工的切身利益，企业改制就难以成功。
企业改制的目的之一，是产权明晰，特别是实行了私有化的企业，产权从抽象的社会公有到股东公有，其利益关系更加明确。企业的决策者面对拆迁将从企业的利益出发，选择对企业有利的补偿方式，不同的企业将有不同的选择，即使是同一企业处于不同的阶段也会有不同的选择。
拆迁入实施拆迁与被拆迁人改制企业接触，要注意其机制变化带来的灵活性，要准备多套方案。而企业面临拆迁时，要灵活选择对企业发展最有利的方式，将拆迁作为企业发展的重大战略机遇来考虑，利用拆迁尽可能地对企业进行经营方式、品种、范围和体制进行适应市场需求的调整。这样，可以减少或者预防纠纷的发生，减少房屋拆迁和改制带来的对社会稳定的负面影响。
(3)注意把握企业改制引起的补偿权利主体的变化
实践中，对企业改制不仅是企业资本的改造，还有依据市场需求，对企业主体进行的改造。实行资产重组，做法上有企业分立、合并、转让，由此会引起拆迁补偿权利主体的变化。及时、准确地把握企业改制带来的补偿权利主体的变化，采取正确的对策，对改制企业房屋拆迁纠纷的妥善处理具有十分重要的意义。
第一，企业分立。分立是企业改制所采取的较常见方式，是根据企业对市场竞争的不同功能和生产经营的范围，将一个企业分设为多个企业，或者将企业中的某一部分分离出来，单独设立一个新的企业。分立过程中涉及生产经营场地的调整，如遇拆迁，其拆迁补偿的权利主体便产生了变化。企业分立时对拆迁活动的不利影响主要有两个方面：一是有的企业分立后，相关财产分割未能办理相应的手续，结果遇上拆迁，往往是使用者没有所有权的相关手续，所有人又不占有使用，容易产生争议，影响拆迁进度。二是有的企业改制目的不正确，单为逃避债务，而没有按照市场竞争的需求对企业人财物合理调整，结果遇上拆迁，引起利益上的冲突，引发不稳定因素，也给拆迁活动带来干扰。
第二，企业合并。合并是企业改制的特殊方式，是为了增强企业的市场竞争能力，将相配套或者相关的企业合并组建新的企业。合并的方式多种多样，兼并则是常见的方式。合并是资产质量好、有广阔市场前景的企业实现低成本扩张，迅速扩大生产经营规模，提高经济效益的常用手段。企业合并，其拆迁中的权利义务均由合并后的企业承担，从权利主体的角度容易落实。存在的问题主要是有的企业合并没有按市场规律办事，靠行政手段拉郎配，有的难免存在资债不符的情况，达不到预期的效果。个别企业合并后又分立，不仅没有增强企业实力，反而受了一次重创。甚至有的合并期间发生资产流失、房屋所有权和土地使用权发生逆变的非正常情况，影响拆迁补偿权利的实现。
第三，企业转让。转让是企业改制的常见方式。国退民进，将原来属于国有的产权转让给民营企业或者原企业职工，便引起了企业房屋所有权人的变化。这种转让的实现，转让关系中的出让人一般不是原企业，而是通过国有资产的管理者——当地政府来进行的。转让合同的约定，将在较大程度上决定被拆迁人的地位。例如，原国有土地使用权问题，土地改变用途的出让金问题，甚至遇有拆迁的补偿金的归属都需要通过合同来约定。如果我们在处理改制企业的拆迁纠纷时，不把握其产权变化，不了解转让合同的约定，就可能走弯路。
