《物权法》第16条强调：“不动产登记簿是物权归属和内容的根据”，据此，《物权法》第106条则规定了不动产的善意取得制度，即便登记存在错误，善意且以合理价格受让的第三人也可以取得不动产物权。这就确立了登记的公信力和善意推定效力，这就是说，法律推定登记簿对不动产物权的归属和内容的记载都是正确的；信赖登记簿进行交易的当事人，法律也推定其是善意的。在进行不动产交易时，相对人只需查阅登记簿的记载，便可以了解并信赖不动产权利的内容和归属，从而进行交易。因此，登记簿的公信力，有效的保护了交易安全，节约了交易成本。
但是，在这一过程中，真正权利人的利益可能得不到应有的保护。为了保护真正权利人的利益，《物权法》规定了更正登记以及确认物权，允许在登记错误的情况下，登记簿记载的权利人或者利害关系人通过更正登记，更改不动产登记簿的记载，从而维护自己的合法权益；此外，真正的权利人也可以通过诉讼或者仲裁，确认自己的物权以及物权内容，并持生效的判决书、裁决书请求法院更正。
问题在于，无论是更正登记还是确认物权之诉，通常都要求异议一方提供相当的证据，否则，法院或者登记机构不会受理其更正登记的请求或者确认物权的诉讼请求。这就客观上需要给予异议人一个搜集证据的时间。而在此期间内，登记簿记载的权利人可能对其房屋进行处分，第三人善意取得该房屋权利，从而可能导致最终虽然真正的权利人有证据证明登记簿的记载确有错误，但房屋已经被处分，其无法要求返还房屋。例如，某乙的房屋登记在某甲的名下，现某乙要求某甲书面同意更正，而某甲拒绝；某乙向法院提起诉讼。在此过程中，如果某甲将该房屋以市场价格卖给某丙并办理了转移登记，在此情况下，法律推定某丙是善意的，如果某乙不能证明某丙明知该房屋是自己的（在实践中很难证明），某丙就依善意取得制度取得了房屋的所有权。即便最终法院认定该房屋原先是属于某乙的，法院也只能要求某甲赔偿某乙的损失，而不能将房屋判给某乙。这就需要在法律上设计一个制度，它能够给尚没有证据的真正权利人一段时间用来搜集证据，同时它应当限制登记簿记载的权利人对其房屋的处分权，避免第三人善意取得该房屋的权利。这一制度就是异议登记。
因此，异议登记的本质在于：异议登记不是对物权变动状态本身所进行的登记。当事人申请异议登记，主要目的在于打破登记的公信力，避免存在产权争议的不动产为第三人善意取得，从而为其通过民事诉讼进行权利确认或者为直接办理更正登记收取更多的证据，提供一种临时的保障。例如，前例中，如果某乙在该房屋设立了异议登记，则某丙就被认为是恶意的，不能善意取得该房屋。最终法院判决某乙胜诉，就可以直接判决该房屋所有权归某乙。某乙则可以直接持法院判决书申请更正登记。
申言之，异议登记的功能，一方面在于其给真正的权利人提供了一种临时性的救济措施，给予了真正权利人搜集证据的缓冲时间，避免第三人善意取得存在错误登记的不动产权利；另一方面，异议登记有阻断不动产登记公信力和推定力的作用。这就是说，在发生异议登记的情况下，表明有人对登记权利的归属或者内容产生了争议，如果第三人罔故异议登记的警示仍然进行交易，因登记的善意推定效力已不存在，其将无法主张善意取得。
