仅凭发票能否作为已付工程款的依据？

不能，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十八条 当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，人民法院不予支持。